次の4つのいずれかの設定でマーカーが3次元化されないと考えられます。１〜４をそれぞれご確認ください。

１：カメラのモードが、グレースケールモードではなく、二値化モードになっているか。
　※Motive3.Xの場合は４へ

２：「Marker Labeling Mode」が「Passive Markers Only」になっているかを確認します。
　 「Application Settings」→「Live Reconstruction」→「Marker Labeling Mode」
※Active MarkersはOptiTrack専用のベースステーションを使ったアクティブマーカーのトラッキングの際に使用するモードです。

３：「Maximum Ray Length (m)」〜「Minimum Ray Length (m)」のレンジ内にマーカーがあるかを確認します。
Ray Length (m)の範囲内にマーカーがない場合は値を調整してください。
「Application Settings」→「Live Reconstruction」→「Maximum Ray Length (m)/Minimum Ray Length (m)」

４：上記のいずれも問題がない場合、一度Motiveの再起動を行ってください。

５：解決しない場合、ツールバーの「Edit」より「Reset Settings」にて設定をリセットしてください。